Clinical Data Extractor

# Clinical Data Extractor

## Overview

This skill enables extracting structured clinical trial data from pharmaceutical conference websites (ASCO, ESMO, EHA, etc.) and saving it as a markdown file with standardized format.

## Configuration

**输出路径**: `~/.openclaw/workspace`
**命名格式**: `{药品名称}@{适应症}.md`
**文件名清理规则**:
- 替换空格为下划线
- 移除特殊字符

**常见终点缩写列表** - 以下缩写在表格中无需写中文全称：
- ORR (客观缓解率)
- cORR (确认缓解率)
- DCR (疾病控制率)
- mPFS/rPFS (中位无进展生存期)
- mOS (中位总生存期)
- mDOR (中位缓解持续时间)
- PSA50/PSA90 (PSA缓解率)
- CR (完全缓解)
- PR (部分缓解)
- SD (疾病稳定)
- PD (疾病进展)
- AE (不良事件)

⚠️ 如需修改配置，请直接编辑本配置区域
⚠️ 注意：`~` 需在执行时展开为实际用户 home directory
⚠️ 注意：不在列表中的终点数据应写中文全称以清晰说明
⚠️ 注意：本技能会尝试自动提取网页图片，但对于受限平台（微信公众号等）需要手动截图

## Requirements

This skill requires the following tools to be available in the OpenClaw runtime environment:

### Core Dependencies
- **browser**: Built-in OpenClaw tool for webpage automation and content extraction (no installation required)
  - Requires: Chrome browser installed on the host system
  - Usage: `browser action=start profile=openclaw target=host`
- **read/write**: Built-in OpenClaw tools for file operations (no installation required)

### Browser System Requirements
For browser automation to work correctly:
- **Chrome browser**: Must be installed on the host system (typically at `/usr/bin/google-chrome` or similar path)
- **Display server**: Desktop environment with X11/Wayland (for non-headless mode) or headless mode support
- **Network connectivity**: Required for loading webpages

### Optional Dependencies (For PDF Processing)
The following tools are used for PDF extraction. The skill will attempt each method in order:

1. **nano-pdf CLI** (recommended)
   - Installation: Usually pre-installed with OpenClaw
   - Alternative: If unavailable, file size reduction or O...

# Clinical Data Extractor

Clinical Data Extractor 是一个专业的临床数据提取技能，可以从制药会议网站（如 ASCO、ESMO）或 PDF 文档中提取结构化临床试验数据，并生成标准化的 Markdown 报告。

## 功能特性

- 📄 **多源数据提取**：支持 URL 网页和 PDF 文档
- 📊 **结构化数据整理**：自动提取药品名称、生产厂家、适应症、临床阶段、疗效和安全性数据
- 📋 **标准表格格式**：生成符合临床研究规范的 Markdown 表格
- 🎯 **专家点评生成**：从医学专家角度提供专业分析
- 🏷️ **灵活配置**：自定义输出路径、常见终点缩写列表等

## 使用场景

当你需要：
- 提取 ASCO、ESMO 等会议的临床试验摘要数据
- 从 PDF 公告中提取药物临床结果
- 生成标准化的临床试验数据报告
- 分析新药的疗效和安全 性数据

## 输入格式

- **URL**：提供制药会议网站或学术文章链接
- **PDF**：上传包含临床数据的 PDF 文档

## 输出格式

生成标准化的 Markdown 文件，包含：

```markdown
# {药品名称} - {适应症} 临床数据

## 基本信息
| 药品名称 | ... |
| 生产厂家 | ... |
| 适应症 | ... |
| 临床阶段 | ... |
| 临床名称 | ... |
| 学术会议 | ... |

## 药品有效性和安全性
| 指标 | 实验组 | 对照组 |
|------|--------|--------|
| N | ... | ... |
| ORR | ... | ... |
| ...

## 试验设计
...
## 专家点评
...
## 数据来源
...
```

## 表格格式规范

- 表格内容第一行必须列出各组入组人数（列名：N）
- 必须明确标注 cohort 的具体信息（如剂量组），避免使用"最大剂量组"等笼统表述
- 不同终点基于不同分析人群时，需分别分列
- 常见终点使用英文缩写（ORR、cORR、DCR、mPFS、mOS 等）
- 不要写 95% CI 置信区间
- 时间指标只写数字，不写单位
- 缺失数据标注为 N/A

## 安装方法

### 方法 1：通过 ClawHub 安装（推荐）

1. 访问 [ClawHub.com](https://clawhub.com)
2. 搜索 "clinical-data-extractor"
3. 点击安装

### 方法 2：手动安装

1. 将本仓库下载到 skills 目录：
```bash
git clone https://github.com/abinww/clinical-data-extractor.git ~/.openclaw/skills/clinical-data-extractor
```

2. 重启 OpenClaw 或重新加载技能

## 使用示例

### 提取网页数据
```
提取 https://mp.weixin.qq.com/s/example 的临床数据
```

### 提取 PDF 数据
发送 PDF 文件，然后说：
```
提取临床数据
```

## 配置

可以在 SKILL.md 的 Config...